V kraji Vysočina jedno z nejrozsáhlejších území zařazených do evropské sítě NATURA 2000 se rozkládá po březích řeky Jihlavy od hráze vodní nádrže Dalešice až po úsek mezi obcemi Biskoupky a Hrubšice v Jihomoravském kraji. I když byla značná část údolí nenávratně zničena výstavbou vodních nádrží Dalešice a Mohelno, stále představuje jedinečnou ukázku tzv. říčního fenoménu v prostředí okraje českého masivu na styku s panonským termofytikem. Pestrost rostlinných i živočišných společenstev je navíc umocněna přítomností několika hadcových těles. Vyskytuje se tu tak celá řada vzácných a ohrožených rostlinných i živočišných druhů, řada z nich zde dosahuje hranic svých areálů.
Podrobný popis:
Silně zaříznuté údolí řeky Jihlavy a jejích přítoků v jinak plochém terénu Znojemské pahorkatiny je místy hluboké přes 100 m, objevují se v něm časté skalní výchozy, suťová pole, erozní zářezy a rokle. Místy jsou vytvořeny výrazné meandry. Geologický podklad tvoří zejména granulity a biotitické pararuly, značný vliv na biodiverzity mají výskyty hadcových těles u Mohelna a Biskoupek, místy se objevují i amfibolity. V nivě se pod fluvizeměmi objevují fluviální písčité štěrky. Na okrajích plošin se vzácně vyskytují v chladných obdobích čtvrtohor naváté spraše a sprašové hlíny, překryté luvizeměmi. Plošně převažují kambizemě, na suťových svazích se jedná o rankery a u skalních výchozů mělké litozemě.
Plošně nejrozšířenějším typem lesních společenstev byly druhově bohaté dubohabřiny, které byly zejména na dobře přístupných plošinách nahrazeny jehličnatými monokulturami. Dubohabřiny na prudších svazích postupně přecházejí do společenstev suťových lesů, zejména lipových javořin. Na výslunných stanovištích se můžeme setkat s porosty teplomilných doubrav, přecházejících při skalních hranách až do vegetace skalních borů. Podél vodních toků a na prameništích rostou společenstva potočních olšin a jasenin. Zcela specifická lesní společenstva hostily výchozy hadců. Zatímco perialpidské bazifilní bory se relativně dobře zachovaly na severně exponovaných stráních pod jadernou elektrárnou Dukovany, hadcové sleziníkové doubravy, které se vyskytovaly na prudkých stráních pod obcí Mohelno byly nahrazeny porosty borovice lesní. Pestrá je i vegetace bezlesí. Vzhledem k častému výskytu skalních výchozů a okrajů plošin, které od skončení poslední doby ledové nikdy zcela nezarostl les, zde roste celá řada druhů vázaných na tyto biotopy. Na skalách můžeme pozorovat vegetaci skalních štěrbin, na výslunných místech s kostřavou sivou (Festuca pallens), naopak v zastíněných místech roste vysokostébelná vegetace skalních terásek. Na horních hranách skal se objevuje vegetace efemér a sukulentů s výskytem na konci zimy žlutě kvetoucího křivatce česného (Gagea bohemica), v lemech se vyvinuly nízké xerofilní křoviny se skalníky, mezofilní křoviny, místy s jalovcem obecným (Juniperus communis) a bylinné lemy s druhy jako třemdavou bílou (Dictamnus albus). Jedním z druhově nejbohatších biotopů jsou stepní trávníky, zejména v okolí Mohelna a Biskoupek.
Ohrožené druhy živočichů reprezentují cenné teplomilné druhy pavouků (Ozyptila kopulai, Xysticus marmoratus), mravenců (Plagiolepis vindobonensis, Camponotus aethiops) a dalších bezobratlých (Ephippigera ephippiger, Zygaena laeta, Cycnia luctuosa aj.). Početná je populace přástevníka kostivalového (Callimorpha quadripunctaria), který je uveden v příloze II evropské Směrnice o stanovištích. Z významných obratlovců lze uvést např. nevelkou, ale vitální kolonii sysla obecného (Spermophilus citellus) a hojnou ještěrku zelenou (Lacerta viridis).
Nejcennější partie lokality jsou již chráněny jako maloplošná chráněná území, konkrétně se jedná o NPR Mohelenská hadcová step, PR Dukovanský mlýn, PR Mohelnička, PR Velká skála, na okrese Brno-vekov PP Biskoupská hadcová step a PR Nad řekami. Turisticky atraktivní jsou i zříceniny středověkých hradů, zejména Templštejna.